Gene bradi_pan_p021006


Sequence ID bradi_pan_p021006  add to my list
Species Brachypodium distachyon
Alias No gene alias
Pangenome status Core (54/54)
Length 549aa
Gene Ontology
Open Display term(s) (1)
biological_process
metal ion transport
GO:0030001 - metal ion transport



Length: 549 amino acids

>bradi_pan_p021006_BRADI
MSKEEVLKVQTCVFKVNIHCDGCHKKVNKVLSKIDGVYQSSVDPEQGKVTVSGLLDPDTI
IRKLNKAGKPAVLWGSKPGAAGAAVAANQFQKLKLDGGGGGGGKNKGQQKEAGSGGSKGQ
HHKDAGGKGHKSGGGGGKDAKMKPIHQQMQMKGAPPPPTAQQLQQLQMQMKGMKLPPQFM
AAAAAGKMPFAHGPPPAAAMAASKDPRSVKFSLPPRDDGWGDDDGDDLGGSEFDDDEFDG
FDDDEDFDDDDGFYDDDLYDDPKVMTKHMAPQPHAGDKKGGNGGKKGGGGNEMPASQFKG
NNGGKKDAGGKGQHQGGSGGGQPNNAKGGGAAPSQGKKAGGPMRAMPQQQQQQHAMPRPP
NMMGGGAGAGGFLGQMGQHPGHMGSGGGGGGGFPGMGQMMGQQPGHMGSGGGRMPQPAAF
YQGGGNGAGGGGTEMLQAAAAAGNPIAQQQYMQLIQQQQQMAALMQQQQQQQQQMMMNNG
GHGHGGHGGGAAGYQAAQMMGYSGGYGRPQPQPQPMMMPSYPAPPPPAPHGEPYNYFSDE
DPTSSCSVM


Multiple alignment used to build consensus sequence:



Clustering Level Family ID Family Name
1
Heavy metal transport/detoxification protein superfamily
GP000323		 Heavy metal transport/detoxification protein superfamily
2 GP023608 Unannotated cluster
3 GP040483 Unannotated cluster
4 GP070015 Unannotated cluster
Table 1: This table displays which families the selected sequence belongs to in GreenPhyl clustering ?.


ID Name Type
Heavy metal-associated domain, HMA
IPR006121 		Heavy metal-associated domain, HMA Domain
Heavy metal-associated domain superfamily
IPR036163 		Heavy metal-associated domain superfamily Homologous_superfamily

IPR006121 IPR036163
Figure 1: IPR domains for bradi_pan_p021006



Represented sequence(s):
BRADI_ABR8_356_v1.ABR8
Brdisv1ABR81032797m_1
Brdisv1ABR81032798m_1
BRADI_BdTR8i_348_v1.BdTR8i
Brdisv1BdTR8i1035784m_1
BRADI_Mur1_373_v1.Mur1
Brdisv1Mur11024992m_1
Brdisv1Mur11024991m_1
BRADI_Bd2_3_353_v1.Bd2-3
Brdisv1Bd2-31024958m_1
BRADI_ABR5_379_v1.ABR5
Brdisv1ABR51026123m_1
Brdisv1ABR51026124m_1
BRADI_Gaz_8_339_v1.Gaz-8
Brdisv1Gaz-81031770m_1
BRADI_Koz_1_330_v1.Koz-1
Brdisv1Koz-11027733m_1
Brdisv1Koz-11027732m_1
BRADI_BdTR11i_363_v1.BdTR11I
Brdisv1BdTR11I1026472m_1
Brdisv1BdTR11I1026471m_1
BRADI_Tek_2_341_v1.Tek-2
Brdisv1Tek-21025286m_1
Brdisv1Tek-21025285m_1
BRADI_Kah_5_342_v1.Kah-5
Brdisv1Kah-51027496m_1
Brdisv1Kah-51027497m_1
BRADI_BdTR12c_352_v1.BdTR12c
Brdisv1BdTR12c1024796m_1
Brdisv1BdTR12c1024797m_1
BRADI_Adi_10_381_v1.Adi-10
Brdisv1Adi-101018955m_1
BRADI_Ron2_360_v1.RON2
Brdisv1RON21038234m_1
Brdisv1RON21038235m_1
BRADI_Bd1_1_349_v1.Bd1-1
Brdisv1Bd1-11032548m_1
Brdisv1Bd1-11032547m_1
BRADI_Bd30_1_344_v1.Bd30-1
Brdisv1Bd30-11033546m_1
BRADI_Foz1_366_v1.Foz1
Brdisv1Foz11034920m_1
Brdisv1Foz11034919m_1
BRADI_Per1_326_v1.Per1
Brdisv1Per11037370m_1
Brdisv1Per11037371m_1
BRADI_BdTR11a_380_v1.BdTR11A
Brdisv1BdTR11A1024463m_1
Brdisv1BdTR11A1024462m_1
BRADI_ABR7_369_v1.ABR7
Brdisv1ABR71027672m_1
Brdisv1ABR71027671m_1
BRADI_Arn1_355_v1.Arn1
Brdisv1Arn11027595m_1
Brdisv1Arn11027596m_1
BRADI_ABR9_333_v1.ABR9_r
Brdisv1ABR9_r1022049m_1
BRADI_BdTR11g_357_v1.BdTR11G
Brdisv1BdTR11G1027335m_1
Brdisv1BdTR11G1027336m_1
BRADI_BdTR5i_370_v1.BdTR5I
Brdisv1BdTR5I1023545m_1
Brdisv1BdTR5I1044364m_1
BRADI_BdTR13a_334_v1.BdTR13a
Brdisv1BdTR13a1028722m_1
Brdisv1BdTR13a1028723m_1
BRADI_BdTR10c_374_v1.BdTR10C
Brdisv1BdTR10C1031282m_1
BRADI_BdTR7a_329_v1.BdTR7a
Brdisv1BdTR7a1027380m_1
Brdisv1BdTR7a1027379m_1
BRADI_Jer1_375_v1.Jer1
Brdisv1Jer11025310m_1
Brdisv1Jer11025311m_1
BRADI_Bd29_1_346_v1.Bd29-1
Brdisv1Bd29-11043329m_1
BRADI_ABR3_343_v1.ABR3
Brdisv1ABR31037071m_1
Brdisv1ABR31037072m_1
BRADI_Uni2_327_v1.Uni2
Brdisv1Uni21026053m_1
BRADI_Mig3_377_v1.Mig3
Brdisv1Mig31027006m_1
Brdisv1Mig31027007m_1
BRADI_BdTR13c_365_v1.BdTR13C
Brdisv1BdTR13C1024353m_1
Brdisv1BdTR13C1044709m_1
BRADI_Bis_1_338_v1.Bis-1
Brdisv1Bis-11025876m_1
Brdisv1Bis-11025875m_1
BRADI_BdTR9k_358_v1.BdTR9K
Brdisv1BdTR9K1026209m_1
BRADI_S8iiC_340_v1.S8iiC
Brdisv1S8iiC1036654m_1
Brdisv1S8iiC1036655m_1
BRADI_ABR6_336_v1.ABR6_r
Brdisv1ABR6_r1027911m_1
BRADI_Bd21_3_378_v1.Bd21-3_r
Brdisv1Bd21-3_r1036026m_1
BRADI_Tek_4_332_v1.Tek-4
Brdisv1Tek-41014278m_1
Brdisv1Tek-41014277m_1
BRADI_BdTR1i_345_v1.BdTR1i
Brdisv1BdTR1i1038355m_1
BRADI_BdTR3c_354_v1.BdTR3C
Brdisv1BdTR3C1036015m_1
BRADI_Koz_3_368_v1.Koz-3
Brdisv1Koz-31031576m_1
Brdisv1Koz-31031575m_1
BRADI_Adi_12_359_v1.Adi-12
Brdisv1Adi-121024995m_1
BRADI_Mon3_350_v1.Mon3
Brdisv1Mon31025980m_1
Brdisv1Mon31025979m_1
BRADI_Kah_1_351_v1.Kah-1
Brdisv1Kah-11028596m_1
BRADI_BdTR2g_367_v1.BdTR2G
Brdisv1BdTR2G1027114m_1
BRADI_Luc1_347_v1.Luc1
Brdisv1Luc11037849m_1
Brdisv1Luc11037848m_1
BRADI_Adi_2_372_v1.Adi-2
Brdisv1Adi-21027291m_1
Brdisv1Adi-21027290m_1
BRADI_Bd18_1_362_v1.Bd18-1
Brdisv1Bd18-11038988m_1
Brdisv1Bd18-11038987m_1
BRADI_Bd3_1_328_v1.Bd3-1_r
Brdisv1Bd3-1_r1028248m_1
BRADI_Bd21v2_1_283_Bd21v2
Bradi4g26615.2_1
Bradi4g26615.1_1
BRADI_ABR2_337_v1.ABR2
Brdisv1ABR21027553m_1
Brdisv1ABR21027554m_1
BRADI_Sig2_371_v1.Sig2
Brdisv1Sig21025548m_1
BRADI_ABR4_364_v1.ABR4
Brdisv1ABR41027303m_1
BRADI_BdTR2b_376_v1.BdTR2B
Brdisv1BdTR2B1035664m_1
Download sequences FASTA

  1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. 26. 27. 28. 29. 30. 31. 32. 33. 34. 35. 36. 37. 38. 39. 40. 41. 42. 43. 44. 45. 46. 47. 48. 49. 50. 51. 52. 53. 54. 55. 56. 57. 58. 59. 60. 61. 62. 63. 64. 65. 66. 67. 68. 69. 70. 71. 72. 73. 74. 75. 76. 77. 78. 79. 80. 81. 82. 83. 84. 85. 86. 87.
1. Brdisv1ABR21027553m_1 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.91 0.91 -0.00 1.29 1.29 2.03 2.03 1.65 3.47 1.52 2.21 2.21 1.29 1.29 1.65 1.65 2.39 2.39 2.58 2.03 2.03 4.51 16.06 1.09 1.24 26.92 2.03 2.03 2.03 2.03 2.22 2.22 2.96 2.96 2.03 2.03 4.49 5.72 -0.00 0.18 5.76 2.40 2.13 5.16 2.03 2.03 2.03 6.70 2.40 2.40 0.91 0.91 1.42 0.91 0.91 2.78 2.03 2.03 2.03 2.03 2.76 2.76 1.09 1.09 1.29 1.29 1.29 1.29 0.91 0.91 1.29 1.29 0.91 0.91 0.91 0.91 1.33 2.03 2.03 1.65 1.65 1.92
2. Brdisv1ABR21027554m_1 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.91 0.91 -0.00 1.29 1.29 2.03 2.03 1.65 3.47 1.52 2.21 2.21 1.29 1.29 1.65 1.65 2.39 2.39 2.58 2.03 2.03 4.51 16.06 1.09 1.24 26.92 2.03 2.03 2.03 2.03 2.22 2.22 2.96 2.96 2.03 2.03 4.49 5.72 -0.00 0.18 5.76 2.40 2.13 5.16 2.03 2.03 2.03 6.70 2.40 2.40 0.91 0.91 1.42 0.91 0.91 2.78 2.03 2.03 2.03 2.03 2.76 2.76 1.09 1.09 1.29 1.29 1.29 1.29 0.91 0.91 1.29 1.29 0.91 0.91 0.91 0.91 1.33 2.03 2.03 1.65 1.65 1.92
3. Brdisv1ABR31037072m_1 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 -0.00 0.91 0.91 -0.00 1.29 1.29 2.03 2.03 1.65 3.47 1.52 2.21 2.21 1.29 1.29 1.65 1.65 2.39 2.39 2.58 2.03 2.03 4.51 16.06 1.09 1.24 26.92 2.03 2.03 2.03 2.03 2.22 2.22 2.96 2.96 2.03 2.03 4.49 5.72 -0.00 0.18 5.76 2.40 2.13 5.16 2.03 2.03 2.03 6.70 2.40 2.40 0.91 0.91 1.42 0.91 0.91 2.78 2.03 2.03 2.03 2.03 2.76 2.76 1.09 1.09 1.29 1.29 1.29 1.29 0.91 0.91 1.29 1.29 0.91 0.91 0.91 0.91 1.33 2.03 2.03 1.65 1.65 1.92
4. Brdisv1ABR31037071m_1 -0.00 -0.00 -0.00 0.00 -0.00 0.91 0.91 -0.00 1.29 1.29 2.03 2.03 1.65 3.47 1.52 2.21 2.21 1.29 1.29 1.65 1.65 2.39 2.39 2.58 2.03 2.03 4.51 16.06 1.09 1.24 26.92 2.03 2.03 2.03 2.03 2.22 2.22 2.96 2.96 2.03 2.03 4.49 5.72 -0.00 0.18 5.76 2.40 2.13 5.16 2.03 2.03 2.03 6.70 2.40 2.40 0.91 0.91 1.42 0.91 0.91 2.78 2.03 2.03 2.03 2.03 2.76 2.76 1.09 1.09 1.29 1.29 1.29 1.29 0.91 0.91 1.29 1.29 0.91 0.91 0.91 0.91 1.33 2.03 2.03 1.65 1.65 1.92
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7. Brdisv1ABR51026124m_1 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 -0.00 0.00 0.91 1.47 1.47 2.21 2.21 1.84 4.66 3.06 2.40 2.40 1.47 1.47 1.84 1.84 2.58 2.58 2.77 2.22 2.22 5.23 16.96 2.01 2.49 28.20 2.22 2.22 2.22 2.22 2.41 2.41 3.15 3.15 2.21 2.21 4.49 6.80 0.91 1.09 6.70 2.58 2.13 6.13 2.21 2.21 2.21 7.84 2.58 2.58 -0.00 -0.00 2.86 -0.00 -0.00 2.99 2.22 2.22 2.21 2.21 2.96 2.96 0.18 0.18 1.47 1.47 1.47 1.47 -0.00 -0.00 1.47 1.47 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.38 2.21 2.21 1.84 1.84 2.11
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55. Brdisv1Bis-11025875m_1 2.40 2.40 2.40 2.40 2.40 2.58 2.58 2.40 1.10 1.10 1.84 1.84 0.73 2.30 -0.00 0.18 0.18 1.10 1.10 0.73 0.73 1.10 1.10 0.92 0.73 0.73 3.45 17.87 2.96 2.81 25.66 0.73 0.73 0.73 0.73 0.92 0.92 1.28 1.28 0.36 0.36 2.42 4.66 2.40 2.21 7.25 0.73 0.35 4.20 0.73 0.73 0.36 8.18 -0.00 0.00 2.58 2.58 2.86 2.58 2.58 0.99 0.73 0.73 0.36 0.36 1.65 1.65 2.77 2.77 1.10 1.10 1.10 1.10 2.58 2.58 1.10 1.10 2.58 2.58 2.58 2.58 3.08 0.36 0.36 0.73 0.73 1.53
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57. Brdisv1Foz11034919m_1 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 -0.00 -0.00 0.91 1.47 1.47 2.21 2.21 1.83 4.66 3.06 2.40 2.40 1.47 1.47 1.83 1.83 2.58 2.58 2.77 2.22 2.22 5.23 16.96 2.00 2.49 28.20 2.22 2.22 2.22 2.22 2.40 2.40 3.15 3.15 2.21 2.21 4.49 6.80 0.91 1.09 6.70 2.58 2.13 6.13 2.21 2.21 2.21 7.84 2.58 2.58 -0.00 0.00 2.86 -0.00 -0.00 2.98 2.22 2.22 2.21 2.21 2.95 2.95 0.18 0.18 1.47 1.47 1.47 1.47 -0.00 -0.00 1.47 1.47 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.38 2.21 2.21 1.84 1.84 2.11
58. Brdisv1Gaz-81031770m_1 1.42 1.42 1.42 1.42 1.42 2.86 2.86 1.42 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 5.81 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 4.32 4.32 2.86 2.86 1.42 1.42 4.32 4.32 4.32 4.32 4.32 4.32 4.32 4.32 4.32 2.86 2.86 999999 4.32 1.42 1.42 1.42 4.32 999999 2.86 2.86 2.86 2.86 4.32 2.86 2.86 2.86 2.86 0.00 2.86 2.86 5.81 4.32 4.32 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86 2.86
59. Brdisv1Jer11025311m_1 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 -0.00 -0.00 0.91 1.47 1.47 2.21 2.21 1.83 4.66 3.06 2.40 2.40 1.47 1.47 1.83 1.83 2.58 2.58 2.77 2.22 2.22 5.23 16.96 2.00 2.49 28.20 2.22 2.22 2.22 2.22 2.40 2.40 3.15 3.15 2.21 2.21 4.49 6.80 0.91 1.09 6.70 2.58 2.13 6.13 2.21 2.21 2.21 7.84 2.58 2.58 -0.00 -0.00 2.86 0.00 -0.00 2.98 2.22 2.22 2.21 2.21 2.95 2.95 0.18 0.18 1.47 1.47 1.47 1.47 -0.00 -0.00 1.47 1.47 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.38 2.21 2.21 1.84 1.84 2.11
60. Brdisv1Jer11025310m_1 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 -0.00 -0.00 0.91 1.47 1.47 2.21 2.21 1.83 4.66 3.06 2.40 2.40 1.47 1.47 1.83 1.83 2.58 2.58 2.77 2.22 2.22 5.23 16.96 2.00 2.49 28.20 2.22 2.22 2.22 2.22 2.40 2.40 3.15 3.15 2.21 2.21 4.49 6.80 0.91 1.09 6.70 2.58 2.13 6.13 2.21 2.21 2.21 7.84 2.58 2.58 -0.00 -0.00 2.86 -0.00 0.00 2.98 2.22 2.22 2.21 2.21 2.95 2.95 0.18 0.18 1.47 1.47 1.47 1.47 -0.00 -0.00 1.47 1.47 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.38 2.21 2.21 1.84 1.84 2.11
61. Brdisv1Kah-11028596m_1 2.78 2.78 2.78 2.78 2.78 2.99 2.99 2.78 1.39 1.39 2.19 2.19 1.18 2.55 1.52 0.99 0.99 1.39 1.39 1.18 1.18 1.58 1.58 1.58 0.79 0.79 4.87 21.34 2.98 4.09 26.92 0.79 0.79 0.79 0.79 0.98 0.98 1.78 1.78 1.18 1.18 3.24 6.19 2.78 2.58 8.23 1.58 1.06 5.47 1.18 1.18 1.18 8.55 0.99 0.99 2.98 2.98 5.81 2.98 2.98 0.00 0.79 0.79 1.18 1.18 1.78 1.78 3.19 3.19 1.39 1.39 1.39 1.39 2.98 2.98 1.39 1.39 2.98 2.98 2.98 2.98 3.53 1.18 1.18 1.18 1.18 1.87
62. Brdisv1Kah-51027496m_1 2.03 2.03 2.03 2.03 2.03 2.22 2.22 2.03 0.74 0.74 1.48 1.48 0.37 1.72 0.75 0.55 0.55 0.74 0.74 0.37 0.37 1.10 1.10 0.92 -0.00 -0.00 3.45 18.02 2.97 2.81 26.29 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.18 0.18 1.29 1.29 0.37 0.37 2.42 4.66 2.03 2.22 7.25 0.73 0.35 4.20 0.73 0.73 0.37 8.18 0.73 0.73 2.22 2.22 4.32 2.22 2.22 0.79 0.00 -0.00 0.37 0.37 1.29 1.29 2.41 2.41 0.74 0.74 0.74 0.74 2.22 2.22 0.74 0.74 2.22 2.22 2.22 2.22 2.69 0.37 0.37 0.37 0.37 1.15
63. Brdisv1Kah-51027497m_1 2.03 2.03 2.03 2.03 2.03 2.22 2.22 2.03 0.74 0.74 1.48 1.48 0.37 1.72 0.75 0.55 0.55 0.74 0.74 0.37 0.37 1.10 1.10 0.92 -0.00 -0.00 3.45 18.02 2.97 2.81 26.29 -0.00 -0.00 -0.00 -0.00 0.18 0.18 1.29 1.29 0.37 0.37 2.42 4.66 2.03 2.22 7.25 0.73 0.35 4.20 0.73 0.73 0.37 8.18 0.73 0.73 2.22 2.22 4.32 2.22 2.22 0.79 -0.00 0.00 0.37 0.37 1.29 1.29 2.41 2.41 0.74 0.74 0.74 0.74 2.22 2.22 0.74 0.74 2.22 2.22 2.22 2.22 2.69 0.37 0.37 0.37 0.37 1.15
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65. Brdisv1Koz-11027732m_1 2.03 2.03 2.03 2.03 2.03 2.21 2.21 2.03 0.73 0.73 1.47 1.47 0.36 2.30 -0.00 0.18 0.18 0.73 0.73 0.36 0.36 1.10 1.10 0.55 0.37 0.37 3.10 17.41 2.96 2.49 25.66 0.37 0.37 0.37 0.37 0.55 0.55 0.92 0.92 -0.00 -0.00 2.01 4.13 2.03 2.21 7.01 0.36 -0.00 3.73 0.73 0.73 -0.00 7.89 0.36 0.36 2.21 2.21 2.86 2.21 2.21 1.18 0.37 0.37 -0.00 0.00 1.28 1.28 2.40 2.40 0.73 0.73 0.73 0.73 2.21 2.21 0.73 0.73 2.21 2.21 2.21 2.21 2.69 -0.00 -0.00 0.36 0.36 1.15
66. Brdisv1Koz-31031576m_1 2.76 2.76 2.76 2.76 2.76 2.96 2.96 2.76 1.47 1.47 2.22 2.22 1.10 2.30 -0.00 1.47 1.47 1.47 1.47 1.10 1.10 1.83 1.83 1.84 1.29 1.29 3.80 17.87 2.58 3.13 25.66 1.29 1.29 1.29 1.29 1.47 1.47 1.84 1.84 1.28 1.28 4.07 4.13 2.76 2.95 7.50 1.65 1.77 3.73 1.47 1.47 1.28 8.18 1.65 1.65 2.95 2.95 2.86 2.95 2.95 1.78 1.29 1.29 1.28 1.28 0.00 -0.00 3.15 3.15 1.47 1.47 1.47 1.47 2.95 2.95 1.47 1.47 2.95 2.95 2.95 2.95 3.46 1.28 1.28 1.10 1.10 1.92
67. Brdisv1Koz-31031575m_1 2.76 2.76 2.76 2.76 2.76 2.96 2.96 2.76 1.47 1.47 2.22 2.22 1.10 2.30 -0.00 1.47 1.47 1.47 1.47 1.10 1.10 1.83 1.83 1.84 1.29 1.29 3.80 17.87 2.58 3.13 25.66 1.29 1.29 1.29 1.29 1.47 1.47 1.84 1.84 1.28 1.28 4.07 4.13 2.76 2.95 7.50 1.65 1.77 3.73 1.47 1.47 1.28 8.18 1.65 1.65 2.95 2.95 2.86 2.95 2.95 1.78 1.29 1.29 1.28 1.28 -0.00 0.00 3.15 3.15 1.47 1.47 1.47 1.47 2.95 2.95 1.47 1.47 2.95 2.95 2.95 2.95 3.46 1.28 1.28 1.10 1.10 1.92
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Homology RBH
Similar Sequence ID Type Evolutionary distance Node distance score e-value
bradi_pan_p055002 ultra-paralogy 0.124 0 - -