Gene bradi_pan_p028125


Sequence ID bradi_pan_p028125  add to my list
Species Brachypodium distachyon
Alias No gene alias
Pangenome status Soft-Core (52/54)
Length 352aa
Gene Ontology
Open Display term(s) (1)
biological_process
metal ion transport
GO:0030001 - metal ion transport



Length: 352 amino acids

>bradi_pan_p028125_BRADI
MASEPVECQVLVLRVSIHCEGCKKKVRKVLLHVDGVYRCDIDARMNKVTVTASRNIDAGI
LIARLRKSGKQAGPWPEEPKQPQPAESQSQENKAEDQPKPNEPAEKPAGAGTPPESAAAE
PSDAQPTPEPEKKSADEAAPKPPAQESKEADETGQQQQQQPNEAARGKAKLQQPQQPADQ
IQDQKPIDAKVTLEFEGRSRGGVSHGGHHMPMMPQQQPVHVMSYNVARPMVSASYYAAAP
VPAAPSPMPMPMARPGPPSQGSGYIDEYAPAPSYYSRPAPSAASYSYEPAPYYYPPQEPS
PYYRQYNQRSAAEDYYYGSEPAPAPQRSAFSPPRDAYGDMFNDENANSCSVM


Multiple alignment used to build consensus sequence:



Clustering Level Family ID Family Name
1
Heavy metal transport/detoxification protein superfamily
GP000323		 Heavy metal transport/detoxification protein superfamily
2 GP023608 Unannotated cluster
3 GP040483 Unannotated cluster
4 GP070015 Unannotated cluster
Table 1: This table displays which families the selected sequence belongs to in GreenPhyl clustering ?.


ID Name Type
Heavy metal-associated domain, HMA
IPR006121 		Heavy metal-associated domain, HMA Domain
Heavy metal-associated domain superfamily
IPR036163 		Heavy metal-associated domain superfamily Homologous_superfamily

IPR006121 IPR036163
Figure 1: IPR domains for bradi_pan_p028125



Represented sequence(s):
BRADI_Bis_1_338_v1.Bis-1
Brdisv1Bis-11021589m_1
Brdisv1Bis-11021590m_1
BRADI_ABR6_336_v1.ABR6_r
Brdisv1ABR6_r1023182m_1
Brdisv1ABR6_r1023181m_1
BRADI_ABR4_364_v1.ABR4
Brdisv1ABR41022735m_1
Brdisv1ABR41022734m_1
BRADI_Tek_4_332_v1.Tek-4
Brdisv1Tek-41037895m_1
Brdisv1Tek-41037894m_1
BRADI_Foz1_366_v1.Foz1
Brdisv1Foz11021326m_1
Brdisv1Foz11021327m_1
BRADI_BdTR13a_334_v1.BdTR13a
Brdisv1BdTR13a1023665m_1
Brdisv1BdTR13a1023666m_1
BRADI_Uni2_327_v1.Uni2
Brdisv1Uni21021755m_1
Brdisv1Uni21021756m_1
BRADI_S8iiC_340_v1.S8iiC
Brdisv1S8iiC1022515m_1
Brdisv1S8iiC1022514m_1
BRADI_Mur1_373_v1.Mur1
Brdisv1Mur11020826m_1
Brdisv1Mur11020825m_1
BRADI_BdTR1i_345_v1.BdTR1i
Brdisv1BdTR1i1023594m_1
Brdisv1BdTR1i1023593m_1
BRADI_Adi_2_372_v1.Adi-2
Brdisv1Adi-21022747m_1
Brdisv1Adi-21022748m_1
BRADI_Bd29_1_346_v1.Bd29-1
Brdisv1Bd29-11019090m_1
Brdisv1Bd29-11019091m_1
BRADI_Bd21_3_378_v1.Bd21-3_r
Brdisv1Bd21-3_r1022058m_1
Brdisv1Bd21-3_r1022059m_1
BRADI_Bd3_1_328_v1.Bd3-1_r
Brdisv1Bd3-1_r1017729m_1
Brdisv1Bd3-1_r1017730m_1
BRADI_BdTR2g_367_v1.BdTR2G
Brdisv1BdTR2G1020536m_1
Brdisv1BdTR2G1020537m_1
BRADI_BdTR11a_380_v1.BdTR11A
Brdisv1BdTR11A1020391m_1
Brdisv1BdTR11A1020392m_1
BRADI_BdTR2b_376_v1.BdTR2B
Brdisv1BdTR2B1022054m_1
Brdisv1BdTR2B1022053m_1
BRADI_ABR9_333_v1.ABR9_r
Brdisv1ABR9_r1019202m_1
BRADI_BdTR12c_352_v1.BdTR12c
Brdisv1BdTR12c1020611m_1
Brdisv1BdTR12c1020610m_1
BRADI_BdTR11i_363_v1.BdTR11I
Brdisv1BdTR11I1022098m_1
Brdisv1BdTR11I1022099m_1
BRADI_Arn1_355_v1.Arn1
Brdisv1Arn11023022m_1
Brdisv1Arn11023021m_1
BRADI_Bd21v2_1_283_Bd21v2
Bradi2g59810.1_1
BRADI_Bd30_1_344_v1.Bd30-1
Brdisv1Bd30-11020960m_1
Brdisv1Bd30-11020961m_1
BRADI_Bd18_1_362_v1.Bd18-1
Brdisv1Bd18-11023504m_1
Brdisv1Bd18-11023503m_1
BRADI_Kah_1_351_v1.Kah-1
Brdisv1Kah-11017448m_1
Brdisv1Kah-11017447m_1
BRADI_ABR5_379_v1.ABR5
Brdisv1ABR51021664m_1
Brdisv1ABR51021665m_1
BRADI_Koz_3_368_v1.Koz-3
Brdisv1Koz-31019675m_1
Brdisv1Koz-31019676m_1
BRADI_Sig2_371_v1.Sig2
Brdisv1Sig21021125m_1
Brdisv1Sig21021126m_1
BRADI_ABR7_369_v1.ABR7
Brdisv1ABR71023052m_1
Brdisv1ABR71023051m_1
BRADI_BdTR13c_365_v1.BdTR13C
Brdisv1BdTR13C1020200m_1
Brdisv1BdTR13C1020199m_1
BRADI_BdTR9k_358_v1.BdTR9K
Brdisv1BdTR9K1019846m_1
Brdisv1BdTR9K1019847m_1
BRADI_ABR8_356_v1.ABR8
Brdisv1ABR81020001m_1
Brdisv1ABR81020002m_1
BRADI_Adi_12_359_v1.Adi-12
Brdisv1Adi-121020775m_1
BRADI_Luc1_347_v1.Luc1
Brdisv1Luc11023225m_1
Brdisv1Luc11023226m_1
BRADI_BdTR11g_357_v1.BdTR11G
Brdisv1BdTR11G1022795m_1
Brdisv1BdTR11G1022794m_1
BRADI_Kah_5_342_v1.Kah-5
Brdisv1Kah-51022918m_1
Brdisv1Kah-51022919m_1
BRADI_Mig3_377_v1.Mig3
Brdisv1Mig31022474m_1
Brdisv1Mig31022475m_1
BRADI_Ron2_360_v1.RON2
Brdisv1RON21023187m_1
Brdisv1RON21023188m_1
BRADI_BdTR8i_348_v1.BdTR8i
Brdisv1BdTR8i1022004m_1
Brdisv1BdTR8i1022003m_1
BRADI_ABR3_343_v1.ABR3
Brdisv1ABR31022864m_1
Brdisv1ABR31022865m_1
BRADI_Bd1_1_349_v1.Bd1-1
Brdisv1Bd1-11020151m_1
Brdisv1Bd1-11020152m_1
BRADI_BdTR7a_329_v1.BdTR7a
Brdisv1BdTR7a1022841m_1
Brdisv1BdTR7a1022840m_1
BRADI_Bd2_3_353_v1.Bd2-3
Brdisv1Bd2-31020757m_1
BRADI_ABR2_337_v1.ABR2
Brdisv1ABR21022823m_1
Brdisv1ABR21022824m_1
BRADI_Koz_1_330_v1.Koz-1
Brdisv1Koz-11023008m_1
Brdisv1Koz-11023007m_1
BRADI_Tek_2_341_v1.Tek-2
Brdisv1Tek-21021069m_1
Brdisv1Tek-21021070m_1
BRADI_Jer1_375_v1.Jer1
Brdisv1Jer11021067m_1
Brdisv1Jer11021068m_1
BRADI_Mon3_350_v1.Mon3
Brdisv1Mon31021488m_1
Brdisv1Mon31021487m_1
BRADI_BdTR5i_370_v1.BdTR5I
Brdisv1BdTR5I1019678m_1
Brdisv1BdTR5I1019677m_1
BRADI_BdTR10c_374_v1.BdTR10C
Brdisv1BdTR10C1019297m_1
BRADI_Per1_326_v1.Per1
Brdisv1Per11022902m_1
Brdisv1Per11022901m_1
BRADI_BdTR3c_354_v1.BdTR3C
Brdisv1BdTR3C1023880m_1
Brdisv1BdTR3C1023881m_1
Unrepresented genome(s):
BRADI_Adi_10_381_v1.Adi-10
BRADI_Gaz_8_339_v1.Gaz-8
Download sequences FASTA

  1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. 26. 27. 28. 29. 30. 31. 32. 33. 34. 35. 36. 37. 38. 39. 40. 41. 42. 43. 44. 45. 46. 47. 48. 49. 50. 51. 52. 53. 54. 55. 56. 57. 58. 59. 60. 61. 62. 63. 64. 65. 66. 67. 68. 69. 70. 71. 72. 73. 74. 75. 76. 77. 78. 79. 80. 81. 82. 83. 84. 85. 86. 87. 88. 89. 90. 91. 92. 93. 94. 95. 96. 97. 98. 99.
1. Brdisv1ABR21022823m_1 0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.57 1.88 -0.00 18.71 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.28 1.57 0.57 1.88 -0.00 -0.00 1.25 5.72 1.43 2.84 28.43 33.35 23.80 0.28 1.57 0.28 1.57 -0.00 1.25 0.28 1.57 -0.00 1.25 15.33 18.52 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.28 1.57 0.28 1.57 2.01 3.48 0.86 2.20 0.28 1.57 0.57 1.88 0.28 1.57 -0.00 1.25 -0.00 1.25 1.72 3.16 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.57 1.88 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.28 1.57 -0.00 1.25
2. Brdisv1ABR21022824m_1 1.25 0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.88 0.62 1.25 17.19 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.57 0.31 1.88 0.62 1.25 1.25 -0.00 4.05 2.84 1.57 33.35 31.59 21.89 1.57 0.31 1.57 0.31 1.25 -0.00 1.57 0.31 1.25 -0.00 18.52 16.96 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.57 0.31 1.57 0.31 3.48 2.20 2.20 0.94 1.57 0.31 1.88 0.62 1.57 0.31 1.25 -0.00 1.25 -0.00 3.16 1.88 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.88 0.62 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.57 0.31 1.25 -0.00
3. Brdisv1ABR31022864m_1 -0.00 1.25 0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.57 1.88 -0.00 18.71 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.28 1.57 0.57 1.88 -0.00 -0.00 1.25 5.72 1.43 2.84 28.43 33.35 23.80 0.28 1.57 0.28 1.57 -0.00 1.25 0.28 1.57 -0.00 1.25 15.33 18.52 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.28 1.57 0.28 1.57 2.01 3.48 0.86 2.20 0.28 1.57 0.57 1.88 0.28 1.57 -0.00 1.25 -0.00 1.25 1.72 3.16 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.57 1.88 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 -0.00 1.25 0.28 1.57 -0.00 1.25
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Homology RBH
Similar Sequence ID Type Evolutionary distance Node distance score e-value
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